EFE Verifica está integrada dentro de la actividad de la Agencia EFE, una sociedad mercantil estatal cuyo accionista único es la Sociedad Estatal de Participaciones Industriales (SEPI), adscrita al Ministerio de Hacienda y Administraciones Públicas. El equipo de EFE Verifica se financia con cargo al presupuesto general de la Agencia EFE. 

Los ingresos de la Agencia EFE proceden fundamentalmente de la compensación que percibe del Estado por prestar un Servicio de Interés Económico General o (como ha reconocido la Comisión Europea), y también de la venta de servicios a clientes.

En 2019, EFE obtuvo una cifra neta de negocios de 87,8 millones de euros, el 61,3 % de los cuales son fondos estatales por ofrecer un servicio público en el ámbito de la comunicación, mientras que el 38,6 % son ingresos por ventas de servicios. Esta información aparece detallada en la memoria de las cuentas anuales del ejercicio 2019 (nota 15.1, página 38).

En 2020, EFE Verifica firmó un acuerdo remunerado con Facebook para luchar contra la desinformación en su plataforma -que no tiene incidencia en la selección de contenidos ni decisiones editoriales-. También obtuvo una ayuda de la IFCN para impulsar un proyecto de verificación en vídeo. Estos fondos no se destinan directamente a financiar la actividad del departamento de verificación.