EFE Verifica está integrada dentro de la actividad de la Agencia EFE, una sociedad mercantil estatal cuyo accionista único es la Sociedad Estatal de Participaciones Industriales (SEPI), adscrita al Ministerio de Hacienda y Administraciones Públicas. El equipo de EFE Verifica se financia con cargo al presupuesto general de la Agencia EFE.
Los ingresos de la Agencia EFE proceden fundamentalmente de la compensación que percibe del Estado por prestar un Servicio de Interés Económico General, reconocido por la Comisión Europea, así como por la venta de servicios a clientes.
En 2021, EFE obtuvo una cifra neta de negocios de 85,3 millones de euros, el 63,1 % de los cuales son fondos estatales por ofrecer un servicio público en el ámbito de la comunicación, mientras que el 34,4 % son ingresos por ventas de servicios. Esta información aparece detallada en la memoria de las cuentas anuales del ejercicio 2021 (nota 19.1, página 48).
Desde 2020, EFE Verifica tiene un acuerdo remunerado con Facebook para luchar contra la desinformación en su plataforma -que no tiene incidencia en la selección de contenidos ni en las decisiones editoriales-. También ha obtenido varias ayudas destinadas, entre otros fines, a impulsar la verificación en vídeo, luchar contra la desinformación relacionadas con las vacunas y promover las consultas en su canal de WhatsApp, con financiación de la International Fact-Checking Network (IFCN) y Meta, entre otras instituciones y empresas. Estos fondos no se destinan directamente a sufragar la actividad del servicio de verificación.